Năm 1543, lịch sử liên lạc trực tiếp giữa Nhật Bản và châu Âu bắt đầu với sự xuất hiện của các thương nhân người Bồ Đào Nha bị bão đánh dạt vào ở Tanegashima. Sáu năm sau, nhà truyền giáo Dòng Tên Francis Xavier đã đặt chân tới Kagoshima. Lúc đầu các thương nhân người Bồ Đào Nha có trụ sở tại Hirado, nhưng họ chuyển đi để tìm kiếm một cảng tốt hơn. năm 1570 daimyō Ōmura Sumitada đã cải đạo sang Công giáo (chọn Bartolomeu làm tên thánh của mình) và đạt được một thỏa thuận với người Bồ Đào Nha để phát triển Nagasaki; sớm sau đó cảng này được mở ra để thông thương. Năm 1580, Sumitada trao quyền hạn pháp lý về Nagasaki cho những người Dòng Tên, và người Bồ Đào Nha đã giành được độc quyền trên thực tế về kinh tế trong trao đổi hàng hoá vải vóc với Trung Quốc thông qua Ma Cao.

Tướng quân Iemitsu đã yêu cầu xây dựng hòn đảo nhân tạo này vào năm 1634, để đáp ứng cho các thương nhân người Bồ Đào Nha sống ở Nagasaki và ngăn cản việc tuyên truyền tôn giáo của họ. Đây là một trong những sắc lệnh do Iemitsu đưa ra từ năm 1633 tới năm 1639, nhằm làm giảm sự tiếp xúc giữa Nhật Bản và các nước khác. Tuy nhiên, để đối phó với cuộc nổi dậy của những người dân chủ yếu là Kitô hữu ở vùng Shimabara-Amakusa, Mạc phủ Tokugawa đã quyết định trục xuất những người Bồ Đào Nha; điều này khiến cho các nhân viên người Hà Lan của Công ty Đông Ấn Hà Lan (Vereenigde Oostindische Compagnie, VOC) trở thành quốc gia phương Tây duy nhất có quyền tiếp cận thương mại với Nhật Bản.

Từ năm 1609, người Hà Lan đã điều hành một thương điếm trên hòn đảo Hirado. Trong 33 năm, họ được phép buôn bán tương đối tự do. Vào thời điểm cao trào, thương điếm tại Hirado đã chiếm được một thị phần rộng lớn.[3]Vào năm 1637 và 1639, các kho hàng bằng đá được xây dựng trong phạm vi thương điếm của Hirado này.

Năm 1639, người Bồ Đào Nha cuối cùng đã bị trục xuất khỏi Nhật Bản. Dejima đã trở thành một khoản đầu tư thất bại và nếu không có sự thông thương hằng năm với các tàu của Bồ Đào Nha từ Ma Cao, nền kinh tế của Nagasaki đã có thể bị suy yếu mạnh. Nhờ các chính sách hạn chế nhưng linh hoạt và sự thù địch của bản thân đối với người Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha - những người vốn đã có cả nền tảng tôn giáo và chính trị - chỉ riêng người Hà Lan được miễn trừ trục xuất, nhưng họ bị các quan chức chính phủ buộc phải di chuyển từ Hirado đến Dejima.[4]

Từ năm 1641, chỉ có tàu Trung Quốc và Hà Lan được phép đến Nhật, và Nagasaki là cảng duy nhất mà họ được phép vào.